Johann Baptist wurde 1692 in München als Sohn des Münchener Stadtmaurermeisters Martin Gunezrhainer (1639–1699) geboren. Er besuchte (bis 1709) das Jesuiten-gymnasium und wurde danach zum Baumeister ausgebildet. 1721 fand er kurfürstlichen Hofbauamt eine Anstellung als Unterbaumeister und war dort unter Joseph Effner zunächst als "Bauingenieur" tätig, insbesondere in den Schlössern Forstenried, Nymphenburg und Schleißheim.
1726 kaufte er sich das heute noch erhaltene Haus am Pro-menadeplatz 15, das er nach seinen Wünschen gestaltete.

1745 wurde Johann Baptist Gunetzrhainer in der Nachfolge Joseph Effners -als erster geborener Münchner- zum Oberhofbaumeister ernannt und arbeitete intensiv mit seinem Schwager Joh.Michael Fischer, Joh.Bapt.Straub und mit dem noch berühmteren François de Cuvilliés zusammen.

Gunezrhainer war als Baupraktiker gefragt und wurde als Gutachter zu vielen Kirchenbaustellen im gesamten Kur-fürstentum geschickt. Wegen seiner Kenntnisse im Sakralbau wurde er auch von Adeligen, Hofbeamten und reichen Bür-gern für ihre Stadtpaläste, Landschlösschen oder Schloss-kapellen engagiert.

Interessant ist auch das nach dem alten Plan wieder hergestellte barocke Pfarrhaus von Ampermoching, das Johann Baptist Gunezrhainer für sehr viel Geld (4400 Gulden) im Jahr 1724 erbaut hat. Dabei hat Gunezrhainer selbst praktisch ohne Salär gearbeitet. Dennoch kostete das Haus den gleichen Betrag wie die vielfach bewunderte Kirche seines Schwagers Joh.Michael Fischer in Bergkirchen.

Immerhin entsprach das Pfarrhaus dem neuesten Stand der Haustechnik: Die Dacheindeckung mit Haken und Dachziegeln (Preißen), der Einbau einer Toilettenanlage im Haus, die Fenster und Türen aus Eichenholz und der Betrieb der Heizung durch sechs Kachelöfen (Plattenöfen) zeugten davon. Der hohe Dach-aufbau diente als Getreidespeicher.
Dass der Pfarrhof so groß gebaut und so wertvoll ausgestattet werden durfte, war sicher dem Hofbaumeister Gunezrhainer zu verdanken. Der sorgte wohl auch dafür, dass die nötigen Geldmit-tel zusammenkamen. Er selbst hat sich an dem Bau und seinen hohen Kosten nicht bereichert. Er erhielt nur 3 Gulden und 24 Kreuzer, wegen "der mit dem Pfarrer gepflogenen Freundschaft".

Frühere Marienwallfahrtskirche Sigmertshausen nach Gunezrhainer-Plan

Der Neubau der Kirche in Sigmertshausen um 1755 war dem anschwellende Strom der Wallfahrer geschuldet. Sechs Messen mussten täglich gelesen werden. Der Pfarrer hatte den Neubau schon 20 Jahre vorher - leider erfolglos- beantragt. Als alle Stellen mit dem Übergang der Hofmark von den Unertls an die Ruffinis beschäftigt waren, riss er das Gotteshaus ohne Genehmigung ab und begann sofort mit dem Neubau. Man nimmt an, dass der Plan dazu von Gunezrhainer stammte; die Bauleitung hat sein Schwager Joh.Michael Fischer übernommen. Bischof und Hofmarksherr waren zunächst empört, trugen aber letztendlich doch den Großteil der Kosten von 3.824 Gulden.

Das Kirchenschiff-Innere ist durch das starke Abschrägen der Ecken als Zentralbau gestaltet, jedoch wesentlich einfacher als in Bergkirchen. In Sigmertshausen hat das Langhaus eine fast quadratische Form (wie der Altarraum), die Ecken mit den Nischen sind noch geschmeidiger abgerundet als in Bergkirchen. Es ist durch flache Pilaster und ein umlaufendes Gebälk gegliedert. Die Ruhe, die von diesem Raum ausgeht, entspricht der Geschlossenheit des Baukörpers von außen.

Lorenz Westenrieder (1748-1829) schrieb 1792: "In Sigmertshausen, wohin ich meinen Weg nahm, ist eine von Maurermeister Fischer von München 1755 erbaute Kirche, deren schöne, nach italienischer Bauart gestaltete Rundung und Wölbung auch das ungetrübteste Auge mit Vergnügen und Bewunderung an sich zieht".