Auf dem Altartisch ein Schrein mit den Gebeinen des hl. Innozennz. Bei den Reliquien handelt es sich um einen sog. Katakomben-Heiligen. Die Gebeine des hl. Innocenz erwarb Propst Georg Riezinger im Jahr 1712 vom Münchner Kaufherrn Benno Höger. Über den Preis wurde Stillschweigen vereinbart, doch wird betont, dass sich Höger zusätzlich einen ewigen Jahrtag ausbedungen hatte. Die Reliquie wurde in Altomünster gefasst und in feierlicher Translation in kostbarem Schrein auf den Nikolausaltar verbracht.

Das Altarblatt des Nikolausaltars hing früher in der Nikolaikapelle am Kreuzgang. Als diese zum Kapitelsaal (Versammlungsstätte der klösterlichen Gemeinschaft) wurde, kam es in die Klosterkirche.

Darstellung auf dem Altargemälde (siehe Bild rechts):
Der Stifter des Klosters Otto IV. von Wittelsbach im Hermelinmantel (im Gemälde unten) überreicht dem hl. Nikolaus den Plan der der ersten Kirche, die 1124 errichtet wurde. In der Szene hält er den offenen Plan mit dem rot eingezeichneten Grundriss in der Hand. Viele Engel unterstützen die beiden Hauptakteure. Im Mittelteil zeigen sie die Attribute von St.Nikolaus: Die Mitra, das Buch mit den drei Goldkugeln, der reich verzierte Bischofsstab. Einer trägt die Planrolle (rechts), einer (dessen Kapelle vor dem Klosterbau an dieser Stelle stand). Die fünf Cheruben ganz oben, die die Szene beobachten sollten, scheinen mehr mit sich selbst befasst zu sein.