Nach seiner Ausbildung als Maurer bei seinem Vater kam Fischer um 1715 auf seiner Wanderschaft über Böhmen nach Brünn (Mähren), wo er als Maurerpalier arbeitete.

1718/19 wurde er "Palier" beim Münchner Stadtmaurermeister Johann Mayr dessen Tochter er am 30.Januar 1725 heiratete. 1723 erwarb er das bürgerliche Meisterrecht. Fischer war der beste und fruchtbarste Kirchenarchitekt in der Blütezeit des Rokokos in Altbayern und zählt zu den Hauptmeistern des deutschen Spätbarocks. 32 Kirchen, 23 Klöster nebst vielen Palästen hat er erbaut, steht auf seinem Grabstein. Selbst wenn dabei auch Renovierungen mitgezählt sind, ist dies eine beeindruckende Lebensbilanz.

Klosterkirche Altomünster

Auf seinem schon halb verwitterten Grabstein an der Münchner Frauenkirche (Bild siehe oben) steht:
" Die Ruhe / Ein Kunsterfahrn / Arbeitsam Redlich und Aufrichtiger/ Mann (Job 1 V.1)/Johann Michael Fischer / Dreyer Durchlauchtigsten Fürsten / Bewährter Bau Meister/ Dan Bürgerlicher MaurerMeister in München / Welcher niemahlen Geruhet / indem Er / durch ein Kunsterfahrne und Unermüdte Hand/ 32 Gottshäuser 23 Clöster / nebst sehr vielen anderen Palästen/ Bemüther aber viele hundert/ durch ein alt-Teusch und Redliche Aufrichtigkeit / erbauete / biß Er endlich / am 6.May An.1766 in den 75.Jahr seines Alters/ zum letzten Gebäudes Haus der Ewigkeit Ecc 12.V.5 / als einen Grund Stein geleget / den Jenen Welcher ist / die Veste und der Ecke-stein der Kirche. Eph.2.V.20"

Dießen am Ammersee, 1732-1739

Stiftskirche Aufhausen ab 1736

Ottobeuren ab 1748

rechts: Bergkirchen