Das Orgelgehäuse stammt aus der Zeit um 1760 und wurde für die Klosterkirche von Taxa geschaffen. Nach der Säkularisierung 1803 kam es nach Altomünster. Die Orgel selbst wurde 1986 von der Fa. Sandtner in Dillingen mit 25 Registern und 3 Manualen neu gebaut. Die Uhr soll an die Vergänglichkeit der Zeit erinnern.